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从bam文件到TPM file
referencegenome/genes.gtfTPMCalculator=/data/software/TPMCalculatorTPMCalculator -v -g $genegtf -b *.bam
46800编辑于 2023-07-26 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
bam格式转bigWig
如果不满足要求的话，bam2Coverage可能会引发如下错误： "The XXX file does not have BAM or CRAM format"； "ModuleNotFoundError ChIP-seq的例子： bamCoverage --bam a.bam -o a.SeqDepthNorm.bw \ --binSize 10 --normalizeUsing RPGC a.bam -o reverse.bw --filterRNAstrand reverse # 如果在2.2版本之前： bamCoverage -b a.bam -o a.fwd.bw --samFlagExclude 16 bamCoverage -b a.bam -o a.rev.bw --samFlagInclude 16 相当于我们做了如下操作： samtools view -@ 8 a.bam | \ awk -F '\t' '$2==0' | \ bamCoverage -b a.bam -o a.fwd.bw
7.5K30发布于 2020-07-22 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
bamtools分割bam文件
bam文件可以按照染色体或者tag分割，bam文件的分割可以使用bamtools. 用法： Description: splits a BAM file on user-specified property, creating a new BAM output file for each filename> the input BAM file [stdin] -refPrefix <string> custom prefix -tag RG creates a BAM file for each read group in original BAM file) 简单来说，bamtools split 用法为： -in ：指定输入的需要分割的bam文件 -reference ：按染色体分割 -refPrefix :将按染色体分割生成的文件名字前缀
5.2K20发布于 2020-08-11 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
根据barcode过滤bam文件
并在barcode前面加上CB:Z:，以确保专门过滤BAM文件中的该标记，格式如下所示： ? 其次，将$ BAM_FILE设置为要过滤的BAM文件的位置及名称。 export BAM_FILE='/your path /possorted_genome_bam.bam' # Save the header lines samtools view -@ 16 -H $BAM_FILE > SAM_header # Filter alignments using filter.txt. Use LC_ALL=C to set C locale instead of UTF-8 samtools view -@ 16 $BAM_FILE | LC_ALL=C grep -F -f filter.txt /360022448251-Is-there-way-to-filter-the-BAM-file-produced-by-10x-pipelines-with-a-list-of-barcodes-
2.9K30发布于 2020-08-14 - 来自专栏生信喵实验柴
sam和bam处理案例
#2 sam和bam格式转换 samtools view -O bam -o all.bam all.sam samtools view all.bam -o all.sam #转换成cram格式, O bam -o all.sorted.bam all.sam #4 排序后建立索引 samtools index all.sorted.bam #5 比对结果统计 samtools stats #10计算覆盖比率 samtools coverage all.sorted.bam #11 按照染色体拆分bam bamtools split -in all.sorted.bam -reference _1_pilon.bam all.sorted.REF_contig_2_pilon.bam all.sorted.REF_contig_3_pilon.bam all.sorted.REF_unmapped.bam _3_pilon.bam all.sorted.REF_unmapped.bam #13 统计bam并绘图 samtools stats all.sorted.bam >all.stats plot-bamstats
91520编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信修炼手册
使用pysam操作BAM文件
Tabix file 4. BAM/CRAM/SAM 对于samtools的封装，提现在操作bam文件上，既可以通过编程来读取bam文件中的内容，也可以实现samtools的调用；对tabix的封装，体现在利用索引来提取对应区域的 BAM 对于Bam文件，遍历行的操作如下 >>> bam = pysam.AlignmentFile('input.bam') >>> for i in bam: ... Options: -b output BAM -C output CRAM (requires -T) -1 use fast BAM compression (implies only (no alignments) ------ >>> pysam.view('-o', 'out.bam', 'accepted_hits.bam') 如果需要对上述几种文件根据指定区域提取子集
2K20发布于 2020-12-24 - 来自专栏生信菜鸟团
更快的处理bam数据—Sambamba
默认会同时输出排序后的文件 .sorted.bam，以及排序后的索引文件 .sorted.bam.bai sambamba sort -t 4 d0.bam --tmpdir ~/test ## 其余参数 ## 查看bam文件，不显示heads 信息 sambamba view d0.bam|less -SN ## 查看bam文件，显示heads 信息 sambamba view -h d0.bam|less 也可以选择 BAM、JSON 或解压缩的 BAM（unpack） -h: #在reads之前打印头部信息（对于 BAM 输出总是这样做）。 这可以确保了抽样的可重复性 merge —合并 主要用途是将多个排序过的 BAM 文件合并成一个单一的 BAM 文件。 ## 提取d0.sorted.bam 中 chr3 的 200k 到 300k 区域内的所有reads sambamba slice -o chr3_200k-300k.bam d0.sorted.bam
4.8K21编辑于 2023-12-28 - 来自专栏Alter聊科技
BAM进入新赛段，智能音箱何去何从？
一旦BAM三巨头掌控了市场话语权，也就有了左右市场进程的能力，甚至是选择性控制市场销量。 况且当前智能音箱的销量主要集中在一二线市场，倘若BAM继续早先的价格战，并在渠道上主动向五六线城市下沉，智能音箱并非没有继续增长的空间。
47420编辑于 2023-01-13 - 来自专栏GPUS开发者
BAM!吸引奥巴马的脑计划
奥巴马政府将在下一财政年度的预算中为一项重大研究课题——大脑活动图谱（BAM）项目拨款，这项研究最终可以极大地拓展人们对人类大脑健康和患病状态的认知。 《科学》最新撰文，详尽解释了BAM何以同人类基因组计划相媲美，以及又如何值得数十亿美元的投资，力图让公众了解BAM的真正价值。
55540发布于 2018-03-30 - 来自专栏yw的数据分析
bam文件softclip ， hardclip ，markduplicate的探究
测序产生的bam文件，有一些reads在cigar值里显示存在softclip，有一些存在hardclip，究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的，还有是怎么标记duplicate的
2K90发布于 2018-04-28 cat > file file
当我们在使用kickstart 的时候，会遇到写网卡配置文件的情况，这时候我们使用cat > file << EOF 命令等，可以从标准输入中接受输入并保存到 file 文件中。 [root@dhcp-65-15 ~]# cat > file << - 1 2 3 - [root@dhcp-65-15 ~]# ls anaconda-ks.cfg file [root@dhcp -65-15 ~]# cat file 1 2 3 [root@dhcp-65-15 ~]#
2.3K10发布于 2020-12-30- 来自专栏生物信息学、python、R、linux
10X genomics bam文件的格式
samtools view -@ 8 possorted_genome_bam.bam |head ? RG Read group RG:Z:Day1:0:1:HWJ5VDSXX:4 参考： https://davetang.org/muse/2018/06/06/10x-single-cell-bam-files / https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/output/bam
1.7K10发布于 2020-08-11 - 来自专栏叶子的数据科技专栏
bam 转 wig 并批量处理的方法
A string might be provided as track nameNOTE:File needs to be sorted by Reference ID (i.e. target name =${data_dir}/${samplename}.bam samtools quickcheck ${sample_file} echo "$samplename is checked" sort_file=${data_dir_process}/${samplename}.sorted.bam samtools sort ${sample_file} -@8 -o ${sort_file} samtools stats ${sort_file} | grep 'is sorted' Augustus/bin/bam2wig ${sort_file} > ${results_dir}/${samplename}.wig else echo "$samplename
63810编辑于 2024-03-17 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
10X bam文件按barcode分割
bamtools split -in tmp.bam -tag CB 因此，查了一下，有人提出了一种解决方案，即将bam文件按barcode排序，然后按相同的barcode将reads取出，代码（转自herrinca unsorted.bam > sorted_tags.bam ### ##### INPUT: .bam file to be sorted and output directory to place split BC ##### OUTPUT: .bam file for each unique barcode, best to make a new directory ### Python 3.6.8 import pysam ### Input varibles to set # file to split on unsplit_file = "/path/to/dir/of/data/sorted_tags.bam file split_file.write( read) split_file.close() samfile.close()
2.8K20发布于 2020-08-12 - 来自专栏解决方案服务
Trojan File Download bad rar file header (not a valid rar file)
当遇到"bad rar file header (not a valid rar file)"的问题时，可能会有以下解决方法：重新下载文件：尝试从可信的来源重新下载文件，确保下载的文件完整且没有损坏。
51130编辑于 2023-10-09 - 来自专栏mathor
File
File类构造方法 File(File parent, String child) //根据 parent 抽象路径名和 child 路径名字符串创建一个新 File 实例。 File(String pathname) //通过将给定路径名字符串转换为抽象路径名来创建一个新 File 实例。 File(String parent, String child) //根据 parent 路径名字符串和 child 路径名字符串创建一个新 File 实例。 File(URI uri) //通过将给定的 file: URI 转换为一个抽象路径名来创建一个新的 File 实例 File类属性 static String pathSeparator //与系统有关的路径分隔符 File类常用方法 //通过File对象可以获取访问文件的属性 public boolean canRead()//判断文件能不能读 public boolean canWrite()//判断文件能不能写
1.1K30发布于 2018-06-20 - 来自专栏JAVA学习历程
File
File：是文件和目录路径名的抽象表示 具体的含义是：文件和目录是可以通过File来封装成对象的; 对于File而言，其封装的并不是真正存在的文件，仅仅是一个路径名而已。
1.1K30发布于 2021-07-06 - 来自专栏生信技能树
把bam文件读入R，并且转为grange对象
假如你的Windows电脑有个bam文件，不想传输到linux服务器去使用samtools等命令行工具来探索它，就可以使用R语言！ 有成熟的R包可以把bam文件读入R，比如Rsamtools，很简单的代码： library(Rsamtools) bamFile="alignResults.BAM" quickBamFlagSummary (bamFile) # https://kasperdanielhansen.github.io/genbioconductor/html/Rsamtools.html bam <- scanBam(bamFile 那么这个R包就可以多复杂，如果你学习足够努力，那就发一个你比较Rsamtools和samtools命令行工具的心得笔记给我吧，我会给你惊喜的，我的邮箱是 jmzeng1314@163.com names(bam [[1]]) tmp=as.data.frame(do.call(cbind,lapply(bam[[1]], as.character))) tmp=tmp[tmp$flag!
2.9K20发布于 2018-12-24 - 来自专栏生信菜鸟团
bam文件转fastq的一些小tips
同样的，让人工智能大模型梳理一下 这个bam2fastq工具的来龙去脉，使用方法： 一句话定位 bam2fastq 是 用 C 写的轻量级命令行工具，只做一件事——把 BAM/CRAM 里任意状态的 reads 先确保 BAM 已按 QNAME 排序！ samtools sort -n -o qsort.bam original.bam # 2. 旧版 bam2fastq bam2fastq -o my_%#_sequence.txt -f qsort.bam 输出： my_1_sequence.txtmy_2_sequence.txt（纯文本 一、命令骨架 bam2fastq [options] input.bam [input2.bam ...] 支持 批量输入多个 BAM/CRAM；结果文件名由 -o模板决定。 CRAM 直接转，参考同目录 bam2fastq -j 6 -o % data.cram # 自动找 ref.fa 批量样品 bam2fastq -j 16 -o % *.bam #
73410编辑于 2025-11-19 - 来自专栏单细胞天地
非正常数据读取——之仅有bam文件
.bam fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/run/SRR117/SRR11798251/ICBtreated_Brca1null_rep1.bam fasp.sra.ebi.ac.uk 转fastq 2.1 special bam of cellranger 这里的bam序列比对结果文件应该是作者使用cellranger后的产生的比对结果。 samtools view ICBtreated_Parental_rep1.bam | less -SN samtools view ICBtreated_Parental_rep1.bam | head 如下图是一个bam文件的处理结果。其很强大的功能：自动根据bam文件，生成配套的三种文件。而且还修改为规范命名！ 这里为空，表示bam文件里没有。而且的确也不需要，就提供一个空序列文件即可。
3.1K40发布于 2020-12-11
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